研究表明，虽然荟萃分析综合了很多信息，但也经常遗漏一个关键的因素——财务冲突。
蒙特利尔犹太人总医院Brett Thombs， PhD及其同事在日前发表于Journal of the American Medical Association的文章中指出，制药公司为大多数包括荟萃分析在内的临床研究提供了资金支持，但在29个文献综述中只有2个对研究中的财务信息进行了披露。
发表于高影响因子的药物干预荟萃分析即使在利益冲突来源已有披露的前提下也很少报告研究的资金来源和作者的产业资金往来状况。美国费城大学James Coyne， PhD（联合作者）呼吁在研究报告中常规加入对资金来源的致谢部分，甚至可以在分析中加以考虑。
研究者认为，利益冲突将对研究问题、研究设计、数据分析、结果解释、报告撰写以及论文发表造成影响，但也不能要求荟萃分析报告所有纳入研究的利益冲突。