VTE的结局包括死亡、栓塞后综合征、慢性肺血栓栓塞性疾病和复发性VTE。急性期口服VKA（华法林）进行抗凝治疗，初始5～7天与普通肝素、低分子肝素或磺达肝癸钠合用，可预防血栓进展并降低VTE复发和死亡风险。急性期后继续治疗的过程中，华法林降低VTE复发风险，但增加出血风险，且需频繁地实验室监测。因此，抗凝治疗的最佳疗程必须平衡停用华法林后复发性VTE风险增加与出血风险。
很多随机对照试验已评估VTE患者抗凝治疗的最佳疗程，其结果可归纳如下：⑴对由一种可逆危险因素触发的首次VTE患者，3个月抗凝治疗与1个月治疗相比，复发风险减半，3个月后复发风险低。⑵对孤立原因触发或不明原因的下肢DVT患者，6周抗凝治疗与3个月治疗同样有效。⑶对不明原因首次发作的VTE患者，3个月抗凝治疗与6个月治疗同样有效，但在停用华法林后第1年复发率高（约10％）；以后，复发率降至每年3％～4％。⑷急性期后继续华法林治疗1～2年与未用华法林相比，治疗期间复发风险降低90％，但停用华法林后发生“追赶”现象，因此数年后，治疗3个月的患者与治疗12个月的患者相比，复发风险相似。
尽管已证实长期使用VKA预防VTE复发的有效性，但来自10项试验包括4833例患者的汇总数据未能提供长期抗凝治疗降低致死性PE的证据。试验数据显示，3个月后继续华法林治疗与每年1％～3％大出血的风险有关，在未纳入临床试验的非选择性患者中，大出血的发生率甚至可能更高。长期华法林治疗目标INR为1.5～2.0在预防VTE复发上的疗效不如目标INR为2.0～3.0；较低的INR也并不降低出血风险。
对VTE抗凝治疗疗程的推荐（表1）与2008年美国胸科医师学会指南所推荐的大体一致。当作出治疗决策时，必须考虑出血风险和患者价值观及喜好。急性DVT或PE或二者均有的患者应接受华法林治疗至少3个月，除外孤立性下肢DVT患者，后者华法林治疗6周就足够。首次发作的近段DVT或PE若由暂时性危险因素（如手术）触发，可在3个月后停止治疗，因为华法林停药后 其复发风险相当低；有一种持续性可逆危险因素的患者应当继续服用华法林直至该危险因素消失。
与经历触发性VTE的患者相比，首次发作的不明原因的近端DVT或PE患者在停用华法林治疗后复发风险显著升高，推测是因为其有慢性血栓形成的倾向，然而，这些患者继续治疗3～6个月的用处不大，除非作出无限期治疗的决定，因为停用华法林后延长治疗的益处丧失。
对有危及肢体或生命的VTE、慢性肺血栓栓塞或严重栓塞后综合征病史的患者以及愿意继续抗凝治疗的患者，长期或无限期华法林治疗是合理的。对复发风险极高的患者，如有不明原因复发性VTE病史、高危血栓形成倾向（如抗磷脂抗体综合征、抗凝血酶缺乏症、多种易栓缺陷）或活动期癌症（或正接受癌症治疗）患者，无限期治疗也是合理的。其他检测（如超声发现残留血栓或D-二聚体阳性）也可能识别复发风险高的患者，但在确定抗凝治疗最佳疗程中的效用尚不明确。最终，哪些患者将从无限期抗凝治疗中获益，需在有足够验证效能、能有价值地降低致残率或致死率、能改善生活质量的大规模随机对照试验中进行评估。
